El proceso de certificación del PCES consiste en cuatro etapas: registro, implementación, certificación y emisión de certificado. 

La etapa concreta de de Certificación, el Organismo de Certificación (empresa acreditada por la Entidad Mexicana de Acreditación y aprobada por la DGEIRA) corrobora que los criterios de sustentabilidad estén en cumplimiento de acuerdo con lo establecido en el PCES.

El Programa de Certificación de Edificaciones Sustentables prevé tres categorías de certificación: cumplimiento, eficiencia y excelencia, las cuales se alcanzan de acuerdo con el puntaje obtenido derivado de la aplicación de los criterios de sustentabilidad.